Как отучить взрослого Йорка ходить в туалет в квартире гле вздумается?

А почему только вечером? Должен быть режим прогулок. Минимум две.

И будет метить на территории квартиры, потому что сами написали - Спит в одной комнате, в своем оборудованном месте, там не гадит, а вся остальная квартира как будто большой туалет. Вот и весь ответ, для него дом только там, где его место, а остальное территория где надо оставить свой след, так же как и на прогулке. Вывод - надо обустроить несколько лежанок по квартире, где он мог бы отдыхать в течение дня и увеличить число прогулок до минимум двух - утром и вечером, чтобы пес мог вдоволь на улице покрыть свои потребности - понюхать кустики, оставить свои сообщения для других собак.